El Gran Daquilema, como lo llamaban los indios, había sido arrojado a la cárcel de Riobamba, como si fuera un delincuente común. El 23 de marzo de 1872 comenzó a sesionar el tribunal militar que juzgaba a Daquilema y a Juan Maji, uno de sus ayudantes. El 26 de marzo se dictaminó la pena de muerte al jefe de la insurrección. El 7 de abril fue sacado de la cárcel de Riobamba y llevado a pie por la carretera de La Florida, bajo custodia reforzada, hasta Yaruquíes, donde fue fusilado el 8 de abril junto al muro de la plaza central de su pueblo natal, lugar en que había comenzado la sublevación13. Daquilema marchó hacia el cadalso con la cabeza en alto, como un líder firme y valeroso, que creía profundamente en la justicia de la causa a la que entregaba la vida. En la provincia de Chimborazo el estado de sitio se levanta el 13 de mayo de 1872, es decir, casi un mes después de la ejecución de Daquilema14.

García Moreno se había mancillado con un crimen más. Todos comprendían que Daquilema había defendido la verdad y luchado por la felicidad de sus compatriotas. La represión había sido tan monstruosa, que los adictos a García Moreno trataron de demostrar —falsificando la historia—, que el presidente había indultado al jefe de la insurrección, pero que el documento en cuestión habría llegado a Yaruquíes una vez consumada la ejecución. El texto del "indulto", que figuró más tarde, estaba antedatado a la fecha de la sentencia, firmado por el Ministro de Guerra. En el texto de la sentencia hay una nota del Ministro de Guerra: "Habiendo examinado detenidamente S. E, el Presidente de la República, me ha ordenado devolverle a usted para que se cumpla en todas sus partes15. Además, en un discurso pronunciado en el Congreso en 1873, García Moreno trató de delincuentes a los insurrectos y no mencionó el "indulto". La versión del indulto fue iniciativa de esos jesuitas que habían sido beneficiados por el fanático García Moreno, descollando entre ellos el jesuita José María L'Goir.